外部物質要進入人體系統，有4種途徑：胃腸通道、呼吸道(鼻肺)、皮膚、性接觸，其中，胃腸通道所面對的危險最大，因為其表面積等同於一塊網球場的大小，這樣大的區域若沒守衛好，胃腸通道的許多微生物會通過腸壁進入血液，形成腸漏症，我們的免疫系統必須非常明智地處理消滅外來的細菌，才不會誤傷自己的身體，因此他必須能區分敵我，而這是透過區分我方或敵方的蛋白質來完成，任何未被識為我方蛋白質，都會遭到免疫系統的攻擊。
比如你喝下牛奶這種蛋白質，沒有被充分消化，而以一種未消化或部分消化的形式進入血液，你的免疫系統會就會產生牛奶的抗體，把牛奶看成異己蛋白質。下次你再喝牛奶時，免疫系統就會被啟動，準備攻擊這種外來蛋白質，讓你的身體感到不適，這些抗體會在血液中盤旋長達數週時間，而最初啟動的未消化牛奶蛋白質卻早已消失，這時它們失去攻擊目標，有時候就會轉而攻擊身體的其他部分，如果攻擊自己的關節軟骨就稱為類風濕性關節炎，攻擊脊椎就稱為僵直性脊椎炎，攻擊胰臟會造成第一型糖尿病，攻擊眼球就是虹彩炎，攻擊全身血管就是紅斑性狼瘡，攻擊神經系統就是多發性硬化症。
消化液可分為3種：由胃分泌的胃酸、由胃和胰臟分泌的酶、由肝臟分泌的膽汁，胰臟酶的問題較困難處理，胃腸黏膜可藉由苦茶油提升機能，膽汁分泌不足問題，可多吃健康脂肪，例如苦茶油、紫蘇籽油或魚油。對於自體免疫問題，要先改善消化吸收不良及腸漏症的問題，治療可考慮以下方向：
一、杜絕過敏源：因為當小腸絨毛持續接觸過敏食物時，會引發大量的免疫細胞聚集在腸道，一連串的免疫反應會引起腸細胞被破壞、組織水腫…等發炎症狀，這會讓腸細胞間隙的通透性增大。有關過敏源可抽血檢驗便可得知對那些食物的過敏程度，對於嚴重過敏食物，要全面避免再食用，待消化吸收能力改善後，或自體免疫問題解決後，再先少量進食，觀察一段時間。
二、修復胃腸道黏膜：
1.空腹時補充麩醯胺酸(Glutamine)及精胺酸(Arginine)可以預防及恢復腸黏膜損傷，提供腸壁修復蛋白質結構所需的胺基酸來源，及健全免疫系統所需的必須營養素。
2.Omega-9含量最高的植物油為苦茶油，高達82%，特點是耐高溫（冷壓的發煙點220℃），還有修復消化道黏膜的功能。Omega-9也有些微的抗發炎效果。以中醫觀點，苦茶油可提升脾胃功能，也就是提升消化吸收能力，等胃強化後，可試著於吃了多一些肉類時，能吃胃酸(例如Thorne Research, Betaine HCL & Pepsin)健康食品，強化蛋白質消化能力。
3.可溶性纖維：常見於水果蔬菜，首推洋車前子(若吃下洋車前子，要記得當天多喝開水，免得大便變硬)、燕麥片、大豆，這種纖維是由腸道益菌分解，這種細菌依靠可溶性纖維生活，故飲食中含可溶性纖維越多，越能促進腸道益菌的生長。嗜酸菌在消化分解可溶性纖維的時候，會產生一種副產物「丁酸鹽」(Butyrate)重要短鏈脂肪酸，丁酸鹽含有一種對腸道內壁細胞有益的營養物質，有助於腸道受損細胞的修復與再生，增加吸收食物和排除廢物的功能。若排泄物中丁酸鹽含量降低，會與結腸癌、大腸炎(腸道內壁發炎)、吸收不良等有關。
4.米糠含有不少可溶性與不可溶纖維，除了富含維他命B群，更含有γ-oryzanol(穀維素或米糠醇)，γ-oryzanol是一種抗氧化劑，抗氧化作用是維他命E的四倍，而且對於腸黏膜滲漏現象有保護的效果。
5.補充可促進腸道黏液分泌及合成的營養素，如乙醯葡萄糖胺(N-Acetyl-D-Glucosamine)。
6.細嚼慢嚥也可幫助體內釋放上皮生長因子ECF，有助於消化道內壁的修復癒合。
三、抗發炎：調整免疫功能，緩解發炎反應
1.儘量多吃Omega-3油脂，例如魚油(Omega-3含量較高的有鯖魚、鮭魚、秋刀魚、土魠魚、沙丁魚，但只要一油炸，Omega-3就消失)、紫蘇籽油、鼠尾草籽油、馬齒莧(豬母乳)、綠色蔬菜(尤其是深綠色)，可維持細胞膜的完整性及增加抗發炎物質的產生。
2.植化素中的Reservavine (一種含有葡萄酒萃取物白藜蘆醇resveratrol 的成分)、檞皮素(quercetin)、薑黃具有抗氧化作用，同時可幫助身體調節正常的發炎反應。
3.天然植物中的多酚類，如綠茶富含兒茶素，其中的 EGCG (epigallocatechin gallate)具有多種抗氧化特性，亦對發炎反應中維持身體正常反應有幫助。苦茶油亦富含天然茶多酚、葉綠素、α－生育醇。
4.多吃薑黃，薑黃味辛、苦，性溫。入肝脾二經，善破肝脾二經的血瘀氣結功能活血化瘀、行氣止痛。薑黃素有廣泛的藥理作用，如降血脂、抗氧化、抗發炎、抗動脈粥樣硬化等。先改善寒性體質，以提升脾胃功能。
5.每天赤腳踩在土地上至少半小時：由於地球表面充滿游離電子(帶負電荷)，體內自由基多數是正電荷，接地有助於中和消除自由基，減少慢性發炎。也可親近大自然充滿負離子的地方(瀑布區域負離子濃度最高)，藉由呼吸皮膚接觸，也可消除身體與地球表面的電位差。
四、補充益菌：腸道中存在大量的細菌及微生物，其中有多種益菌可幫助消化膳食纖維，產生短鏈脂肪酸及維生素等，並能維持腸道環境的弱酸性，除了抑制有害菌的過量生長之外，更能提供腸壁細胞直接利用的能量來源，提升腸道免疫防禦功能。
1.直接補充益生菌，例如適合台灣人體質的副酪蛋白乳酸桿菌(L. paracasei)。
2.飲食中含可溶性纖維越多，越能促進腸道益菌的生長。
3.補充膳食纖維、果膠、果寡糖、阿拉伯膠、木寡糖、維生素C、胺基酸等益生質，來幫助腸道中益菌的繁殖增生。
4.避免抗生素等藥物及酒精的濫用。
五、補充酵素：促進食物消化以利於營養素在腸道中的吸收。以避免腸道中消化不完全的大分子食物(蛋白質)刺激腸道的免疫系統，引發更嚴重的過敏反應。食用富含天然消化酵素的水果(木瓜、鳳梨)來幫助食物蛋白質的分解。
六、排除毒素：提昇代謝機能，減少毒素負擔，排除宿便以減輕腸道毒素的堆積
1.奶薊(Milk Thistle)、白鳳菜(葉子尖長形且葉上無毛的品種)：人體每個細胞都有排毒能力，但肝臟承擔大部分的工作，任何來自腸道的物質，必須先通過肝臟才能抵達血液，故必須強化肝臟排毒能力。
2.不溶性纖維：它不能被人體分解，可增加排便量，並吸附毒素提高排除廢物的速度。
3.IP6、麥麩、綠球藻：這些纖維能吸引消化道中的重金屬及其他毒素。IP6就是六磷酸肌醇(inositol hexaphosphate)，它是一種有效解毒劑與強力抗氧化劑，能抗癌與防止腎結石形成，在天然的全穀食品與莢果類中有著豐富的含量，例如：米、燕麥、小麥、玉米，以及青豆等。白麵與白米就不含IP6，每100公克的玉米含有6公克的IP6，芝麻則有5公克，全麥有4公克，糙米有2公克。IP6在小麥和米糠中的含量特別高，米糠的IP6含量是麥麩的2倍。
4.地瓜葉、地瓜、芫荽(香菜)、深綠葉蔬菜：可排除重金屬，依據大村惠昭博士的研究，香菜是一種強而有力的螯合劑，可排除汞、鉛、鋁(可由尿液檢測出)。
5.油漱療法(Oil Pulling)：源自於古印度的阿育吠陀醫學，主張「萬病源於口」，口腔內有大量的細菌和微生物，若牙齒因為牙齦和牙周病變而產生出血或潰瘍情形，細菌和微生物就容易進入血液，例如變異鏈球菌（Streptococcus mutans）在口腔繁殖並進入血液的話，就容易引起身體炎症，一般進行40天油漱法後，就能降低口腔內2成左右的細菌。一早先不刷牙，可先用少許水漱口滋潤口腔，吐掉水，也可喝一杯水再油漱。取一湯匙油置入口中，開始做漱口動作，將油浸遍牙齒、牙齦各處，讓油和唾液混和，會呈乳白色，嘴巴酸可以暫停幾秒再接著漱，最好能漱到20分鐘後，就吐到垃圾桶，再用水漱口即完成。油漱可有效減少口腔中的細菌，水漱則困難。牙周病患者可選擇維生素E豐富的米糠油，念珠菌患者可選椰子油，因為月桂酸是強效的天然黴菌殺菌劑。
6.排毒營養素：硫氨基酸( 洋蔥、大蒜、花椰菜、甘藍)、維生素(A、C、B6、B12、葉酸)、微量礦物質(鎂、硒、鋅、銅、錳)，例如硒、鋅是構成重要酵素的元素，若缺乏硒、鋅，就會被汞代替，也就會讓酵素變得不正常。
七、補充抗氧化物：如硫辛酸、維生素C、維生素E、Q10(或QH)、鋅和硒，可以降低自由基對腸道造成的傷害，硫辛酸同時具有脂溶性與水溶性，它在身體的運作比其他抗氧化物還來得更寬廣，它的微小特性能夠輕易進入細胞核，防止自由基對DNA的損傷，這是其他物質所難以做到的，當C、E為對抗自由基而耗盡時，硫辛酸可再生C、E，且硫辛酸還具有一點螯合作用。另外，現代的「白色恐怖」有白糖、白麵、白飯等須避免，尤其是糖不含抗氧化物，還會消耗掉體內的抗氧化物。
八、12經絡按壓推揉，通常可發現小腸經、脾經、胃經會比較僵硬，必須按壓揉開使之鬆開。也可搭配科學中藥複方，提升脾胃後天之本，複方則視個人體質而異，例如參苓白朮散適合脾胃虛弱夾濕症。
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